Die Akademie verleiht alljährlich verschiedene Preise:

• Prix Média akademien-schweiz – für journalistische Arbeiten im Bereich der Naturwissenschaften

• Prix Expo – für Austellungen über Natur und Naturwissenschaften

Ausserdem verleiht die Akademie jährlich ein Förderpreis, abwechselnd in verschiedenen Bereichen:

• Prix A. F. Schläfli – für naturwissenschaftliche Arbeiten