L'Académie décerne chaque année differents prix:

• Prix Média académies-suisses – pour des travaux journalistiques ayant trait aux sciences naturelles

• Prix Expo – pour des expositions sur la nature et les sciences naturelles

En outre, l’Académie décerne chaque année deux prix d’encouragement,

attribués à tour de rôle à différentes disciplines scientifiques:

• Prix A. F. Schläfli – pour des travaux en sciences naturelles